Jakub M. Godzimirski urodził się w Giżycku na Mazurach w 1957 roku. Jego rodzice pochodzili z różnych części Polski (matka z Wileńszczyzny, ojciec z Polski Centralnej), osiedlili się na Mazurach po 1945 roku. Matka straciła ojca i brata w wyniku represji systemu komunistycznego.

W 1976 roku Jakub przeprowadził się do Warszawy, by tam podjąć studia na Wydziale Etnologii Uniwersytetu Warszawskiego, a następnie kontynuować je jako doktorant przy Instytucie Sztuki w Polskiej Akademii Nauk. Od 1982 roku pracował w Prymasowskim Komitecie Pomocy Więźniom Politycznym na ul. Piwnej w Warszawie. Bezpośrednią przyczyną podjęcia przez Jakuba współpracy z Komitetem na Piwnej było przypadkowe aresztowanie jego, jego siostry i przyjaciółki w czasie trwania demonstracji w Warszawie. To właśnie od pracowników Komitetu uzyskał pomoc prawną. Jako pracownik Komitetu był uczestnikiem dramatycznych wydarzeń – między innymi napadu bojówek Milicji Obywatelskiej na siedzibę Komitetu, który miał miejsce 03.05.1983 roku. W wyniku tego napadu kilku pracowników zostało pobitych, kilku wywieziono do Puszczy Kampinoskiej i dopiero tam ich wypuszczono. Władze zastosowały metodę zastraszania opozycji. Parę dni po tych wydarzeniach Grzegorz Przemyk - syn jednej z osób, którą poturbowano podczas napadu – Barbary Sadowskiej, został zamordowany. Praca Jakuba w Komitecie na Piwnej była pierwotnie wyrazem buntu przeciwko bezprawiu, a z czasem zmieniła się w potrzebę niesienia pomocy potrzebującym. Jakub doszedł do wniosku, że ówczesny panujący system należy „zmiękczać od środka”.

Przyczyną wyjazdu Jakuba z Polski w 1987 roku była propozycja pracy dla jego żony, jaką otrzymała z Muzeum Edwarda Muncha w Oslo. Najpierw do Norwegii przyjechała ona, a później Jakub z niespełna rocznym dzieckiem. Początkowo sądzili, że przyjechali tylko na kilka lat i gdy w 1992 roku urodziło im się drugie dziecko, korzystając z urlopu macierzyńskiego żony, wyjechali do Polski, gdzie Jakub podjął pracę we właśnie tworzonym zespole analitycznym w ramach Ministerstwa Obrony. Gdy skończył się urlop żony, wrócili do Norwegii. Planowali już na stałe wyjechać do Polski, gdy w 1995 roku Jakub otrzymał etat w Norweskim Instytucie Polityki Zagranicznej (NUPI). Ta niezwykle interesująca praca wciągnęła go i zatrzymała całą rodzinę w Norwegii na stałe.